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农村信用社手机短信通知的扣费方式如下。
1、首次开通短信提醒功能时，银行会收取一次性开通费用，这部分费用具体的金额根据不同地区的规定可能会有所不同。
2、对于后续的使用，短信提醒服务一般会按照月或季度进行收费，具体的收费标准可能因地区和银行政策而异，可以通过向农村信用社客服咨询了解具体的费用情况。
3、短信提醒的扣费一般直接从绑定的银行卡中扣除。
农村信用社手机短信通知的扣费是开通时收取一次性开通费，后续使用则按月或季度收取服务费，直接从绑定的银行卡中扣除，建议咨询当地农村信用社的客服人员获取更多关于短信通知扣费的具体信息。